Je suis tombé sur un logiciel d'Altiris Software Virtualisation Solution qui permet de virtualiser ses logiciels sous Windows, comme il existe des virtualiseurs pour les systèmes d'exploitations (VMWare et autres).

En installant le SVS, vous pouvez créer des "couches". Chacune de ces couches va contenir les modifications apportées au système et les fichiers installés par une application.
Dès lors, vous pouvez activer ou désactiver une couche (le logiciel n'est alors plus "présent", même s'il prend toujours de la place sur le disque), ou la supprimer tout simplement, pour supprimer le logiciels, ses fichiers, et toutes les modifications qu'il a apporté au registre ou autre !

C'est génial quand on installe beaucoup de trucs en version béta, d'utilitaires, ou qu'on a la flemme de faire le rangement par le menu "Installation/désinstallation de programmes" de Windows, qui n'est pas ergonomique du tout.

La contrepartie, c'est que l'installation d'un logiciel sous SVS est un peu plus lente (mais rien de vraiment rébarbatif), afin d'enregistrer les modifications. Une application une fois installée, vous pouvez sauvegarder le script correspondant à celle-ci, pour ne pas avoir à recommencer la procédure la prochaine fois. Et des scripts pour la plupart des applications courantes sont disponibles sur le Wiki de l'éditeur !

Enfin, c'est gratuit (la version serveur étant payante)...
http://www.svsdownloads.com/download_svs.php pour le logiciel

Après une tentative d'installation de SVS hier sur une nouvelle machine, je me suis rendu compte que le logiciel avait été racheté par Symantec, et n'est plus disponible maintenant qu'en version d'évaluation sur 120 jours.
La dernière archive du logiciel, juste avant de passer payante est toujours disponible sur internet, mais évidemment, la clef nécessaire pour le faire fonctionner (même en version gratuite) n'est plus disponible.

En cherchant des solutions alternatives, je suis tombé sur cette page : http://wiki.castlecops.com/Lists_of_freeware_virtualization, qui liste les différentes offres (gratuites) de virtualisation, notamment au niveau software (les sandboxes), et au niveau d'une partition (les shadows copy).

Le plus simple est d'aller lire sur la page, plutôt que de tenter une explication malhabile ici des différents avantages de ces solutions .

Tiens, potentiellement utile, ça, merci !